Ce sont principalement les catastrophes écologiques qui permettent de prendre conscience des dégradations des milieux aquatique. Pourtant, la plus grande partie de la pollution passe inaperçue et trouve son origine dans les usages que l’homme fait de l’eau. D’une part l’hygiène du corps et de l’habitation est à l’origine de pollution causée par les détergents, graisses, solvant, débris organiques, matières organiques azotées ou germes fécaux. D’autre part, l’eau pluviale, en ville, se charge le long de son parcours en produits organiques et minéraux, liés au trafic automobile notamment. Par ailleurs, les industries, malgré leurs efforts en matières d’épuration des eaux ces dernières années, rejettent des eaux usées chargées, dans des proportions variables, en matières organiques, matières en suspension, azote, phosphore et métaux toxiques. Et enfin, l’agriculture a également sa part de responsabilité. Engrais et pesticides, par le lessivage des sols et la percolation des eaux de pluie sur les parcelles cultivées, sont entraînés vers les cours d’eau et les eaux souterraines.
Comme tout milieu naturel, le milieu aquatique (mers, plans d’eau, cours d’eau, nappes souterraines) est capable d’éliminer avec le temps une partie de la pollution qu’il reçoit : c’est son pouvoir "d’autoépuration". Mais lorsque les substances indésirables sont en trop grande quantité, ce pouvoir d’autoépuration est alors dépassé, et on peut craindre un déséquilibre des écosystèmes aquatiques (eutrophisation, algues vertes, etc.).
Ces déséquilibres ont des impacts sur les activités humaines car ils limitent l’utilisation de la ressource : fermeture de prise d’eau potable, interdiction des activités de baignade, loisirs nautiques ou pêche à pied, etc. Ils ont également des répercussions sur la faune et la flore locale qui se trouve affaiblies par le manque d’oxygène et remplacée par des espèces non endémiques plus résistance et mieux adaptée aux nouvelles conditions du milieu, d’où un risque de disparition de certaines espèces locales.
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