Passant d'une agriculture familiale semi-autarcique à une agriculture moderne de marché, la Bretagne est la région française qui a connu, sur le plan agricole, les plus forts bouleversements depuis la fin des années 1960. Elle a intensifié de manière considérable ses productions animales et ses cultures légumières ; elle a pris depuis lors la première place en France en terme de chiffre d'affaires. Dans les années 1970, celui-ci représente 8,7 % de la production agricole nationale, il atteint 12 % en 2000. Cette même année, l'agriculture emploie 7 % de la population active de la région et contribue pour 6 % à son produit intérieur brut (PIB). A titre de comparaison, en France, la population active agricole représente 3,4 % des actifs et contribue pour 2,8 % au PIB.

Des productions animales qui déterminent la qualité de l'eau

L'élevage hors-sol a permis à la Bretagne d'augmenter sensiblement ses parts de marché dans les productions animales nationales. Mais, les crises économiques répétées de ces filières et la nécessité de respecter les équilibres environnementaux ont tendance à stabiliser progressivement les parts de marché de la Bretagne. En 2001, la production porcine se trouve en tête du chiffre d'affaires agricoles régional et représente 56 % de la production nationale. Les départements bretons sont de loin les quatre premiers producteurs de l'Hexagone avec les Côtes d'Armor et le Finistère comme chefs de file. Le lait vient en deuxième position. En réalisant 21 % de la production française, la Bretagne est également la première région laitière de France. L'Ille-et-Vilaine est le premier département français producteur. L'aviculture (poulets de chair, œufs, etc.) est la troisième filière agricole bretonne avec 17 % de la production régionale, soit une contribution de 31 % au chiffre d'affaires avicoles national. Les Côtes d'Armor sont au premier rang national de la production d'œufs. Enfin, la viande bovine représente 10 % de la production agricole bretonne. La région fournit 15 % de la production nationale.

En Bretagne, le développement des élevages de porcs et de volailles, qui se nourrissent d’aliments en partie importés, conduit dans certaines zones à des productions d’azote organique plus importantes que les besoins des plantes. Ainsi, sur les 187 cantons agricoles que compte la Bretagne, 104 cantons sont désormais classés en excédent structurel d’azote organique (soit près des deux tiers de la surface agricole bretonne [1]). Cela signifie que la quantité d'azote issue des déjections animales produites par les élevages de ces cantons est supérieure à 170 kg d'azote organique par hectare épandable et par an. Des engrais minéraux riches en azote, plus facilement utilisables par les agriculteurs, viennent également s’ajouter à cette production d’azote organique.

Si la présence de cet élément nutritif dans les sols est essentielle aux cultures, une quantité excessive accroît le risque de contamination des eaux souterraines et de surface. En effet, lorsque les apports en azote dépassent les capacités d'absorption de la plante, des nitrates peuvent migrer dans le sol, hors d'atteinte des racines, et rejoindre les cours d'eau. Les conséquences les plus visibles sont : une eau non potable et la prolifération des algues en bord de mer. Des années 1960 au début des années 2000, la Bretagne est passée d'une situation déficitaire en azote par rapport aux besoins des cultures, à une situation excédentaire d'environ 100 000 tonnes d'azote par an dont une partie est transférée vers la mer par le biais des rivières. Comme pour les nitrates, on constate également un excédent de phosphore dans les eaux bretonnes.