L'Astragale de Bayonne est une espèce protégée sur l'ensemble du territoire national (arrêté du 20 janvier 1982, modifié par l'arrêté du 31 août 1995). Toutes ses stations de la Baie d'Audierne sont situées sur des terrains du Conservatoire du Littoral et des rivages lacustres. Elles sont incluses dans une zone naturelle d'intérêt écologique, floristique et faunistique (Znieff) de type II et font partie d'un Site d'intérêt communautaire.
L'écologie particulière de l'Astragale de Bayonne rend difficile la préconisation de mesures simples de gestion permettant de garantir le maintien, en l'état, des populations de cette espèce : les usages actuels de la dune peuvent constituer à la fois une menace et un facteur de maintien de l'espèce, selon qu'ils sont importants ou occasionnels. De même, la Baie d'Audierne est un massif dunaire en perpétuel mouvement et il est illusoire de vouloir maîtriser l'ensemble des phénomènes d'érosion ou d'engraissement.
Dans ces conditions, le Conservatoire botanique national de Brest a proposé des mesures de gestions à l'échelle de la dune, dans son ensemble, plutôt que des mesures strictement appliquées à des portions restreintes, correspondant aux secteurs d'implantation d'Astragale. Par ailleurs, l'évolution actuelle de l'Astragale et sa capacité à recoloniser naturellement des portions de sables nus, sont encore mal connues et nécessitent d'être précisées. En effet, la disparition de certains individus suite à de fortes perturbations (naturelles ou anthropiques) du substrat pourrait être compensée par une colonisation de nouveaux espaces par l'espèce.
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