Toutes les stations bretonnes d'Aubépine maritime sont en zone naturelle d'intérêt écologique, floristique et faunistique (Znieff) de type I et incluses dans des sites d'intérêt communautaire. En 1996, lors de l'établissement de la liste des 37 taxons prioritaires pour la Bretagne, l'Aubépine maritime répondait parfaitement aux critères de définition des "taxons à très forte valeur patrimoniale pour la Bretagne", notamment en raison de son aire de répartition mondiale extrêmement restreinte et centrée sur la Bretagne. Ces critères avaient d'ailleurs également été retenus en 1995 lors de l'élaboration du livre rouge de la flore menacée de France puisque cet arbuste avait été inscrit au tome 1 (espèces prioritaires) de ce livre rouge national. Mais l'Aubépine maritime ne fait l'objet d'aucune mesure de protection réglementaire.
Aujourd'hui, le niveau et l'originalité de cette Aubépine sont discutés. Il apparaît, en effet, que certains individus d'Aubépine maritime, caractérisés par leur port si particulier, reprennent un port dressé et perdent leur pilosité, quand ils sont cultivés. Cependant, certains individus littoraux, notamment dans les îles, paraissent conserver des caractères clairement distinctifs. Pour cette raison, le Conservatoire botanique national de Brest préconise des mesures prudentes et simples de précaution permettant d'assurer la sauvegarde des populations de l'Aubépine prostrée, surtout dans les îles.
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