La principale cause de mortalité artificielle du Cormoran huppé est la capture accidentelle dans des engins de pêche (trémails notamment, mais aussi palangres ou casiers), constatée à des degrés divers sur l'ensemble de son aire de répartition européenne. La démographie de l'espèce ne semble cependant pas, dans l'état actuel des choses, en être particulièrement affectée.
La prédation exercée par les Visons d'Amérique et les dérangements occasionnés par leur présence engendrent un impact prononcé sur les Cormorans huppés dans le Finistère, en baie de Morlaix et au cap Sizun, avec à la fois une mortalité directe et des déplacements de reproducteurs entre différents îlots ou secteurs de falaises. Des opérations de piégeage des visons y sont maintenant menées depuis quelques années.
Localement, les Cormorans huppés constituent un facteur limitant pour l'Océanite tempête. En effet, les nids des cormorans peuvent obstruer les sites auparavant utilisés par les océanites. C'est le cas notamment dans l'archipel d'Houat (Morbihan), et à un niveau moindre dans quelques autres colonies bretonnes d'Océanite tempête.
Enfin, les données sur le régime alimentaire du Cormoran huppé montrent que l'impact de ses prélèvements sur les poissons à valeur commerciale est négligeable.
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