Globalement, le Guillemot de Troïl n'est pas considéré comme menacé à l'échelon européen mais son statut en France est bien précaire.
Les mesures de protection des sites de reproduction ont sans conteste contribué à ralentir le déclin, en limitant les dérangements humains, mais l'état actuel des populations d'alcidés en Bretagne est très préoccupant. Des opérations ponctuelles de limitation des prédateurs s'avèrent nécessaires, sauf pour le Grand Corbeau dont la situation démographique en Bretagne n'est pas plus satisfaisante. La concentration des effectifs dans quelques colonies accroît leur vulnérabilité.
Soin des oiseauxL'avenir des alcidés est également compromis par les difficultés de mise en œuvre de mesures efficaces de conservation en mer, pour réduire l'impact des filets de pêche et de la pollution par les hydrocarbures (déballastages illégaux et chroniques). La marée noire de l'Erika a entraîné la mort de plus de 110 à 150 000 oiseaux durant l'hiver 1999-2000, dont une très large majorité de guillemots. Mais la majorité des reproducteurs originaires des colonies bretonnes a vraisemblablement été épargnée.
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