Le Guillemot de Troïl bénéficie d'une protection réglementaire en France depuis 1968. « Sont interdits (…) en tout temps (…) la destruction ou l'enlèvement des œufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la naturalisation des oiseaux (…) ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ». Le guillemot est également protégé au titre de la
convention de Berne dédiée à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe.
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