Plusieurs facteurs sont responsables de la régression des populations de Lapin de garenne dans la région. En premier lieu, il souffre de la détérioration de ses habitats. La régression des prairies naturelles ainsi que la destruction du bocage ont fortement réduit sa répartition. Les habitats qui lui restent favorables sont fragmentés, et souvent de moins bonne qualité (absence de talus, haies très réduites en largeur et en linéaire). Les populations de lapins y sont isolées, ce qui limite fortement les échanges entre les différents noyaux, et donc les fragilise.
De plus, trois maladies font des ravages sur les populations de lapins : la myxomatose depuis 1952, la VHD (de l'anglais Virus haemorragic disease, virus pouvant entraîner la mort par hémorragie) depuis 1988 et, dans une moindre mesure, la coccidiose. La fragmentation des populations en noyaux isolés semble les rendre plus sensibles à des épizooties sévères.
Enfin, la chasse, lorsqu'elle se pratique sans politique de contrôle des prélèvements sur des populations fragiles, peut s'avérer dommageable.
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