Le budget de la délégation bretonne du Conservatoire du littoral est de 1,1 million d'euros par an en ce qui concerne les acquisitions. Au niveau national, ces ressources proviennent pour l'essentiel du budget de l'Etat. Mais le Conservatoire reçoit également des fonds des régions et des départements. Il est par ailleurs habilité à recevoir des dons et legs des particuliers. De 1976 à 2001, ces investissements ont représenté 347 millions d'euros pour 65 510 hectares acquis. Ce budget annuel au niveau national est de l'ordre de 30 millions d'euros, dont 25 sont consacrés à l'acquisition et à l'aménagement des sites.
Le conseil d'administration est composé pour moitié d'élus et pour moitié de personnalités qualifiées choisies parmi les responsables d'association de protection de l'environnement et de représentants des administrations concernées par la protection du littoral. C'est le conseil d'administration qui décide du programme d'acquisition après consultation des conseils de rivages. Ces derniers sont composés de conseillers régionaux et généraux, à parts égales des départements et des régions. Les conseils de rivages sont au nombre de sept, dont le conseil Atlantique qui couvre la Bretagne. Enfin, les communes sont consultées systématiquement sur les projets qui les concernent.
La gestion courante des terrains est confiée en priorité aux collectivités locales. Sur 325 sites ayant donné lieu à une convention de gestion, 60 % sont gérés par des communes ou groupements de communes. Parfois, les conseils généraux ou l'Office national des forêts sont co-signataires. Les départements sont gestionnaires d'un tiers des sites. Enfin, les associations de protection de la nature ou les établissements publics peuvent aussi être partenaires pour la gestion.
Six régions et quinze départements sont engagés aux côtés du Conservatoire dans le cadre de conventions pluri-annuelles de partenariat. C'est le cas de la région Bretagne, du conseil général d'Ille-et-Vilaine et du Finistère, mais aussi des communautés de communes de la côte d'Emeraude, de Belle-Ile, de la baie de Lannion et de la communauté d'agglomération du pays de Lorient par exemple et de nombreuses communes.
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