Loutre d’Europe mâle La dégradation de ses habitats reste un facteur limitant pour la Loutre. Lorsque les milieux naturels sont détruits, le nombre de gîtes et les ressources alimentaires diminuent. La pollution des eaux, outre l’impact dans certains cas négatif pour ses proies, peut également avoir un impact sur sa santé. L’animal accumule dans son corps les polluants ; ils s’y concentrent et sont plus divers que chez la plupart des espèces car elle est en bout de chaîne alimentaire. Ainsi, l’analyse de 14 spécimens tués sur les routes de Bretagne a permis de détecter dans le foie la présence de pesticides (dieldrine), de métaux lourds (mercure, cadmium, chrome, etc.) et de PCB (polychlorobiphényles). Ces polluants sont susceptibles d’affecter les fonctions vitales de la Loutre - perte de poids, lésions internes, troubles de la reproduction, troubles neurologiques, affaiblissement du système immunitaire, tumeurs – et donc d’augmenter le taux de mortalité et de diminuer le taux de reproduction.
La chasse et le piégeage de la Loutre d’Europe étant interdits depuis 1972, ce sont aujourd’hui les collisions routières qui constituent la principale cause de mortalité due à l’homme. Le Groupe mammalogique Breton a ainsi recensé plus d’une centaine de cas de mortalité par collision routière en Bretagne depuis 1980. Avec la recolonisation en cours de l’espèce, alors que le trafic augmente et que le réseau routier devient plus dense, ces collisions sont de plus en plus nombreuses d’année en année (11 cas en moyenne annuelle depuis 2004).
En effet, la Loutre traverse fréquemment la route pour franchir les ponts, particulièrement en période de crue. La mortalité ne constitue qu’une part des impacts des infrastructures routières. Celles-ci peuvent également provoquer des dégradations de l’habitat et créer des barrières écologiques (fragmentation de l’habitat et isolement des populations).
Enfin, des captures accidentelles peuvent entraîner une mortalité supplémentaire. Sur le littoral breton, il lui arrive de visiter les casiers utilisés pour la pêche des tourteaux ou des araignées, d’y rester coincée et d’y mourir noyée. La capture dans des pièges à Ragondin comporte quant à elle un risque en raison de confusions possible entre les espèces et peut s’avérer problématique si une mère allaitante est retenue trop longtemps prisonnière. Ces destructions accidentelles restent relativement exceptionnelles mais peuvent avoir un impact non négligeable pour l’espèce. Car en raison de ses faibles densités naturelles, d’une fécondité moyenne, d’un fort taux de mortalité des jeunes et d’une espérance de vie limitée (rarement plus de 5 ans en nature), la Loutre est une espèce fragile : sur un bassin versant de Bretagne, la disparition d’un seul individu constitue une perte importante.
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