Le déclin rapide des Macareux moine en France au début du XXe siècle peut sans conteste être attribué pour partie à l'homme, et notamment aux massacres effectués à des fins ludiques sur les colonies. Il semble cependant que des modifications de l'environnement marin dans l'Atlantique nord, liées au réchauffement des eaux jusqu'aux années 1950, ont contribué à une large échelle à la diminution des populations de l'espèce.
La distribution plus pélagique du macareux le rend vraisemblablement moins vulnérable aux hydrocarbures que le Guillemot de Troïl et le Petit Pingouin, sauf lorsque la marée noire affecte les environs immédiats des colonies. Pour les mêmes raisons, l'impact des filets de pêche apparaît également moindre que pour les deux autres espèces. La principale menace est liée à des modifications du milieu marin et de la disponibilité des stocks de poissons, conséquences de phénomènes naturels ou de la surexploitation des ressources halieutiques.
Essentiellement présente sur les îlots des Sept-Îles, la population bretonne de macareux sera de plus en plus vulnérable à tout impact extérieur, de type marée noire ou modification des ressources alimentaires. De plus, le développement constant de la colonie de fous de Bassan sur Rouzic affecte progressivement les macareux en empiétant sur leurs secteurs de reproduction. Et l'augmentation des effectifs sur Malban et la colonisation de Bono en sont peut-être une conséquence.
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