La question de la préservation des habitats naturels est un enjeu fort pour la Bretagne. En effet, sur 200 habitats naturels d'importance communautaire, environ 140 sont représentés en France et 50 en Bretagne (dunes, tourbières, etc.). De même, sur les 430 espèces végétales menacées, 60 sont présentes en France et 11 en Bretagne (Narcisse des Glénan, Sphaigne de la Pylaie, Chou marin, etc.). Sur 200 espèces animales menacées, 90 sont recensées en France et 35 en Bretagne(phoque gris, loutre d'Europe, saumon, chauves-souris, chabot, ou escargot de Quimper, etc.).
La Communauté européenne s'est dotée de deux directives pour préserver ce patrimoine naturel :
- La directive du 2 avril 1979, dite directive "Oiseaux", avec la désignation par les Etats de Zones de protections spéciales (ZPS) pour protéger les habitats nécessaires à la reproduction et à la survie d'espèces d'oiseaux menacées à l'échelle européenne.
- La directive du 21 mai 1992, dite directive "Habitats" a pour objet la conservation des habitats naturels de la faune et de la flore sauvage. Elle prévoit la création d'un réseau écologique européen de Zones spéciales de conservation (ZSC).
Le réseau Natura 2000, regroupe l'ensemble des espaces désignés en application de ces deux directives.
Ces textes visent à concilier les exigences écologiques des habitats naturels et des espèces avec les activités économiques, sociales et culturelles qui s'exercent sur ces territoires. L'objectif n'est pas de faire des "sanctuaires de nature" mais de promouvoir une gestion concertée et assumée par tous les acteurs intervenant sur les espaces naturels.
L'ordonnance du 11 avril 2001 achève la transposition en droit français des directives "Oiseaux" et "Habitats" et donne un véritable cadre juridique à la gestion des sites Natura 2000, tendant à satisfaire aux obligations de résultats liées des directives européennes.
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