Les acteurs du programme Natura 2000 sont :
- L'Union européenne, car Natura 2000 est un outil visant à satisfaire à ses engagements internationaux (notamment ceux du "Sommet de la Terre" de Rio en 1992) pour la préservation des milieux naturels,
- Les Etats membres, qui ont en charge la mise en application de Natura 2000 et qui devront rendre compte tous les 6 ans à la Commission européenne de l'état de conservation du réseau Natura 2000 à travers une évaluation scientifique,
- La Direction régionale de l'environnement (Diren), représentant régional du ministère chargé de l'environnement, et donc maître d'ouvrage de Natura 2000,
- Les scientifiques, via le Conseil scientifique régional du patrimoine naturel (Csrpn), qui valident les propositions des opérateurs et de Conservatoire botanique de Brest qui réalise un suivi des habitats et des espèces au niveau régional,
- Les opérateurs techniques locaux, qui sont désignés pour élaborer des documents d'objectifs puis gérer les sites Natura 2000. En Bretagne, il s'agit notamment de collectivités territoriales, mais aussi d'établissements publics ou d'associations de préservation de l'environnement,
- Les acteurs locaux (collectivités territoriales, propriétaires, usagers, etc.) qui interviennent lors de la concertation puis, le cas échéant, dans la gestion.
En Bretagne, la Diren a mis en place un réseau régional entre les opérateurs de sites Natura 2000 afin de mutualiser les expériences et savoir-faire de gestionnaires de milieux naturels. Ce réseau est animé par l'Institut régional du patrimoine de Bretagne (Irpa).
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