La présence de rats, prédateurs notamment d'œufs et de poussins, sur au moins six des colonies anciennement connues semble être à l'origine de leur disparition. Les opérations de dératisation effectuées aux Sept-Îles permettront peut-être la (re)colonisation de certains îlots. Les prédateurs introduits représentent la plus sérieuse menace pour l'espèce en Europe.
La prédation exercée par les goélands peut localement constituer une autre menace, comme sur les colonies de l'archipel de Molène, où le phénomène s'est considérablement développé depuis le milieu des années 1990. Le développement de cette prédation massive pose un certain nombre de questions quant à l'avenir de la colonie et un programme de baguage des océanites a pour principal objectif d'en évaluer l'impact à long terme.
Parmi les autres facteurs limitants, on peut noter l'obturation des sites potentiels par les nids de cormorans (grands ou huppés) ou par le développement d'une végétation nitrophile liée à la présence de goélands, localement l'occupation des sites par les pigeons ou les lapins, et enfin l'érosion naturelle des sites.
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