Comme le Guillemot de Troïl, le Petit Pingouin est protégé en France depuis 1968 ce qui signifie que « sont interdits (…) en tout temps (…) la destruction ou l'enlèvement des œufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la naturalisation des oiseaux (…) ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ». L'espèce est également inscrite sur la liste des espèces sauvages protégées par la convention de Berne.
Des mesures de protections (mise en réserve des colonies) ont été prises sur les colonies de reproduction pour préserver l'espèce. Pourtant, elles ne suffiront sans doute pas à empêcher sa disparition.
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