Considéré comme vulnérable en France, le Puffin des Anglais est protégé par la réglementation française depuis 1975. A ce titre, « sont interdits (…) en tout temps (…) la destruction ou l'enlèvement des œufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la naturalisation des oiseaux (…) ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ». Le Puffin des Anglais est également inscrit en annexe II de la Convention de Berne relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel en Europe.
Afin de limiter la prédation dont peut souffrir le Puffin des Anglais de la part des rats, des opérations d'éradication totale ont été menées aux Sept-Îles (Côtes d'Armor) en 1993 et 1994 par la Ligue pour la protection des oiseaux et l'Institut national de recherche agronomique, ainsi que sur des îlots favorables comme l'île Tomé (Perros-Guirec) ou l'île aux Chevaux (archipel d'Houat) en 2002 par le Conservatoire du littoral.
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