Les nutriments (nitrate, ammonium, phosphate, silicate) permettent le développement des organismes végétaux et sont donc à la base de la chaîne alimentaire. Un enrichissement significatif du milieu estuarien et côtier conduit à des effets appelés « eutrophisation ».

-  RNO : Le Réseau National d'Observation de la qualité du milieu marin a été créé, en 1974, à la demande et avec le concours financier du ministère de l'Environnement. Il est géré par l'IFREMER. Son premier objectif était l'évaluation des niveaux et tendances des contaminants du milieu marin ainsi que les paramètres de qualité générale des eaux,  données que la France s'est engagée à fournir à des organisations internationales : Conseil international pour l'exploration de la mer (CIEM), conventions d'Oslo et de Paris (Atlantique du Nord-Est), convention de Barcelone (Méditerranée). La surveillance des effets biologiques a été introduite ultérieurement.

Qualité des eaux des estuaires bretons

-  Réseau « Estuaires bretons » : il s'agit d'un réseau régional de surveillance de la qualité des eaux des estuaires bretons. Des mesures de la qualité physicochimique des eaux estuariennes sont faites 6 fois par an (28 sites) par les Cellules Qualité des Eaux Littorales (CQEL) qui dépendent du Ministère de l'Equipement (Directions Départementales de l'Equipement DDE).

-  REPOM : le Réseau national de surveillances des POrts Maritimes a été constitué à partir des réseaux départementaux de suivi de la qualité des ports, mis en place par les cellules qualité des eaux littorales (CQEL). Il surveille, entre autres, la qualité physico-chimique des eaux des bassins portuaires.

-  Réseau SOMLIT: Le Service d'Observation en Milieu LITtoral de l'INSU-CNRS dispose de 2 stations de mesures en Bretagne : l'une à Roscoff gérée par la Station marine de Roscoff et l'autre en Mer d'Iroise (à la jonction avec la rade de Brest) depuis mars 1998 gérée par l'Institut Européen de la Mer (IUEM - Université de Bretagne Occidentale). Un système de mesures hebdomadaires fonctionne sur la base de prélèvements manuels et d'analyses de paramètres physico-chimiques et biologiques.

-  Station Automatique MAREL-Iroise : Il s'agit d'une station de Mesures Automatisées en Réseau pour l'Environnement Littoral, mise en œuvre dans le cadre d'une convention de collaboration IUEM/UBO - INSU - IFREMER. Elle est opérationnelle depuis juillet 2000 et permet l'acquisition haute fréquence (toutes les 20 minutes) de paramètres physiques, chimiques et biologiques des eaux de la mer d'Iroise (à la jonction avec la Rade de Brest).