Des terriers de 20 à 30 cm de diamètre et des coulées empruntées systématiquement sont deux indices qui attestent la présence d’un Ragondin sur une rivière ou un plan d’eau. Le problème est que ces terriers et coulées déstabilisent les berges, voire provoquent leur affaissement, et fragilisent les infrastructures hydrauliques (barrages, digues) qu’elles soutiennent.
Autre problème sérieux posé par l’espèce : le risque de transmission de maladies au bétail et à l’homme. Le Ragondin peut, par exemple, héberger la forme adulte de la douve du foie, un parasite des bovins. Il peut aussi transmettre à l’homme la tularémie par voie cutanée - même en l’absence de plaie à travers la peau saine (manipulation par des chasseurs, simple contact, etc.), par voie respiratoire, digestive ou conjonctivale, et la leptospirose par morsure ou par contact avec des eaux souillées.
Au menu de ce rongeur, on trouve bien sûr la végétation des berges mais il ne dédaigne pas, lorsqu’il en a l’occasion ou que la saison hivernale l’y oblige, de quitter les berges pour s’alimenter ; il provoque des dégâts qui peuvent être localement importants sur les cultures (orge, blé, ray-grass, maïs, etc.) et les arbres (écorçage de peupliers) limitrophes aux rivières ou plans d’eau qu’il occupe.
Sa présence pourrait avoir une incidence écologique non négligeable sur plusieurs espèces fréquentant les mêmes milieux que lui. En consommant la végétation des roselières, il est soupçonné de gêner la nidification des oiseaux des zones humides. En raison de la dégradation des berges qu’il génère, il pourrait aussi dégrader la qualité des frayères de certains poissons d’eau douce en augmentant ainsi le colmatage des fonds. Enfin, une compétition avec le Rat musqué et le Campagnol amphibie n’est pas exclue ; elle expliquerait leur raréfaction dans certains sites en Bretagne.
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