Le Rat musqué perturbe les écosystèmes aquatiques où il s’installe. Comme le Ragondin, il creuse des galeries très ramifiées dans les berges qui s’en trouvent fragilisées et peuvent s’effondrer. Ce rongeur semi-aquatique contracte également des maladies transmissibles au bétail (douve du foie) et à l’homme (leptospirose).
Classé nuisible, il a longtemps fait l’objet de campagnes de destruction par des appâts empoisonnés. Mais cette méthode de lutte non sélective est aujourd’hui interdite en Bretagne car elle est néfaste à d’autres espèces de rongeurs dont certaines sont menacées comme le Campagnol amphibie ou protégées tel le Castor. Ces campagnes ont également provoqué par empoisonnement indirect des destructions d’espèces carnivores protégées (Loutre et Vison d’Europe).
Enfin, sans que son impact sur le Campagnol amphibie soit clairement établi, le Rat musqué pourrait avoir un rôle direct dans la régression de ce petit rongeur car tous deux pourraient entrer en compétition pour l’habitat et la nourriture.
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