Les principaux facteurs limitant la présence de Sterne caugek sont, en période de reproduction, la fréquentation humaine (tourisme nautique et pêche à pied) et le développement des colonies de goélands (à travers la compétition spatiale et la prédation). Ainsi, ce n'est pas un hasard si l'installation durable des sternes au Banc d'Arguin coïncide avec la mise en place d'une surveillance annuelle, limitant les dérangements humains.
La désertion des îles Dumet (Loire-Atlantique) et Méaban (Morbihan) apparaît liée au développement du tourisme nautique et aux débarquements fréquents et incontrôlés (plus d'une centaine de bateaux certaines journées d'été à Dumet), ainsi qu'à l'augmentation du nombre de goélands.
Sur plusieurs colonies, l'augmentation rapide des effectifs de goélands dans les années 1960-1970 s'accompagne d'une disparition progressive des sternes.
Enfin, la capture des Sternes caugek sur les zones d'hivernage africaines (voir cas de la Sterne de Dougall) apparaît également susceptible d'affecter l'évolution numérique des colonies européennes.
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