Plus que pour les autres sternes, les colonies de Sternes caugek montrent des variations interannuelles d'effectifs, parfois très marquées, les oiseaux pouvant émigrer sur de grandes distances. Ainsi, la protection de l'espèce doit être appréhendée globalement sur de vastes territoires (nationaux ou internationaux), mais elle ne peut se traduire dans les faits que par des actions locales. Tant au niveau régional que national, la très grande majorité des effectifs est aujourd'hui localisée sur des espaces protégés.
Les sternes, toutes espèces confondues, sont particulièrement sensibles au dérangement, c'est pourquoi une surveillance annuelle a été mise en place sur certaines colonies comme au Banc d'Arguin. Le recensement des colonies par les naturalistes fait l'objet de multiples précautions pour éviter l'exposition des couvées aux prédateurs, au soleil ou aux intempéries selon les conditions météorologiques, et les risques d'abandon des pontes voire de la colonie. La durée des opérations de dénombrement ne doit pas excéder une vingtaine de minutes.
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