La Sterne naine, considérée comme vulnérable, est protégée par la réglementation française depuis 1962. Cela signifie que « sont interdits (…) en tout temps (…) la destruction ou l'enlèvement des œufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la naturalisation des oiseaux (…) ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ». Elle est inscrite en annexe I de la directive Oiseaux et, à ce titre, doit faire l'objet de mesures spéciales de conservation, en particulier en ce qui concerne son habitat (désignation de zones de protection spéciale, ZPS). Elle est également protégée au titre des conventions de Berne (conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe) et de Bonn (Conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage).
Seule la colonie de Béniguet bénéficie d'un statut de protection, qui empêche les dérangements d'origine humaine autrefois fréquents des Sternes naines. Il est d'ailleurs vraisemblable que la mise en réserve de cette colonie au début des années 1990 ait pu sauver l'espèce de l'extinction en Bretagne. Au sillon du Talbert en revanche, quelques mesures de protection de la colonie ont été prises, notamment depuis 1999 dans le cadre du programme Life « Archipels et îlots marins de Bretagne », mais avec peu de résultats en l'absence d'une surveillance régulière.
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