La Sterne naine présente une distribution mondiale large mais discontinue, dans les régions tempérées et tropicales d'Eurasie et d'Afrique, avec 44 000 à 130 000 couples dont 20 000 environ en Europe. En France, les effectifs sont principalement concentrés sur le cours de la Loire et sur le littoral méditerranéen.
Faute de données anciennes, l'historique des Sternes naines sur le littoral français de la Manche et de l'Atlantique est impossible à retracer. La prospection du littoral breton par les ornithologues à partir des années 1950 permet de retrouver l'espèce dans le Finistère, mais il faut attendre le milieu des années 1960 pour disposer de données exhaustives au niveau régional. Une baisse importante a été enregistrée au cours des années 1980, avec une population minimum atteignant 14 couples en 1989. Depuis, les effectifs nicheurs ont progressivement augmenté et se situent de nouveau autour des 50 couples.
Répartition de la Sterne naine en BretagneActuellement, il existe deux sites réguliers de reproduction sur le littoral breton : le sillon du Talbert (Côtes d'Armor ; où l'espèce s'est installée en 1982) et
Béniguet (archipel de Molène, Finistère ; où la reproduction est connue depuis les années 1950). En 2004, l'espèce a disparu de l'île de Sein (Finistère) où elle se reproduisait depuis 1992 au moins. Autrefois importante, la colonie de Trévoc'h (Finistère) a été désertée par les Sternes naines au début des années 1980. La situation globale peut être considérée comme relativement stable depuis la fin des années 1960, avec une cinquantaine de couples sur le littoral breton. Cependant une baisse puis un accroissement ont été enregistrées en 2002 et 2003, avec respectivement de l'ordre de 30 et 70 couples dénombrés.