Sans les interdictions de débarquement, les opérations de surveillance, d'information et de sensibilisation du public, il est impossible de garantir l'avenir de la Sterne pierregarin. Les opérations de gestion de la végétation, de dératisation et d'éradication ponctuelle des goélands s'avèrent également importantes pour assurer le maintien ou le renforcement des colonies existantes.
Les réserves accueillent environ la moitié des effectifs bretons. Cette moindre proportion par rapport aux autres sternes est due à l'existence de nombreux couples plus ou moins isolés et de petites colonies dispersées, dont plusieurs sur des pontons ostréicoles ou portuaires, ou sur d'autres structures artificielles (bateaux désarmés, ducs d'Albe, etc. ; ces sites artificiels hébergent 18 % des effectifs en 2003). C'est le cas notamment dans le golfe du Morbihan et en rade de Brest. Mais cela peut poser des problèmes d'interactions avec les activités humaines.
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