Pour expliquer la régression du Vison d’Europe, les naturalistes évoquent la possibilité d’une compétition avec le Vison d’Amérique car les deux espèces occupent des niches écologiques voisines. Le Vison américain peut, de plus, empêcher la reproduction de l’espèce européenne en montant les femelles de Vison d’Europe ; l’union des deux espèces conduit à un avortement naturel et annule alors toute chance de reproduction pour la femelle qui n’a qu’une seule portée par an.
Depuis quelques années, l’hypothèse d’un agent pathogène est aussi évoquée pour expliquer la régression du Vison d’Europe. Il s’agirait de la maladie aléoutienne, bien connue pour affecter les élevages de Visons d’Amérique et à laquelle ils seraient relativement résistants. Un bilan sanitaire de la population française des petits Mustélidés a montré que ce virus est présent chez 25 % des Visons d’Amérique, 12 % des Visons d’Europe et 11 % des Putois. Les sept départements français qui abritent le Vison d’Europe sont touchés.
Le Vison d’Europe a subi des destructions directes au cours du XXe siècle lorsqu’il était piégé comme tous les petits carnivores. Et bien que l’espèce soit protégée depuis 1976 en France, elle a probablement continué à être accidentellement détruite par confusion avec son indésirable cousin américain, classé nuisible dans les quatre départements bretons où il a fait l’objet de campagnes de destruction. Attaqué sur tous les fronts, le Vison européen a également probablement pâti, tout comme d’autres espèces de carnivores protégées (Loutre), des campagnes d’empoisonnement de rongeurs nuisibles (Rat musqué et Ragondin) désormais interdites en Bretagne.
A ce contexte défavorable s’ajoute une régression de ses habitats privilégiés puisque les surfaces de zones humides ont fortement diminué, notamment en Bretagne, suite à l’assèchement des prairies inondables et des marais - notamment en fond de vallée - à des fins agricoles. Dans le même temps, les milieux aquatiques se sont globalement dégradés en raison de pollutions diverses et de leur artificialisation. Enfin, une cause intrinsèque à l’espèce (maladie, cause génétique ?) est parfois avancée pour expliquer ce déclin jusqu’à présent inexorable.