La Bretagne est le point de rencontre de zones biogéographiques : elle favorise les espèces océaniques et permet l'accueil et la cohabitation entre les espèces nordiques les plus tolérantes au soleil et les moins frileuses des espèces méditerranéennes et ibériques.
Du fait de la rencontre plus ou moins complexe entre l'eau et la terre, les milieux littoraux sont le siège d'un foisonnement de vie et d'une très grande diversité. L'histoire géologique du massif armoricain explique en grande partie cette variété de la côte bretonne. L'alternance des marées, particulièrement accentué au nord de la Bretagne, participe aussi fortement de la diversité du paysage.
Au littoral polymorphe correspond une mosaïque de milieux écologiques : les vasières et estuaires, se composées des grains les plus fins ; les dunes et plages sableuses, formées de sédiments plus grossiers ; les petits marais maritimes développent des herbiers, les cordons de galets, les falaises et récifs, etc. A cela, doivent s'ajouter les fonds côtiers qui abritent des habitats essentiels pour maintenir la biodiversité marine tels que les herbiers à zostères (Zostera marina) ou les bancs de maërl (Lithothamnium coralliodes et Phymatolithon calcareum), accumulations d'algues calcaires.
Aigrette garzette
En Bretagne, se côtoient des espèces végétales et animales en limite d'aire de répartition. Ainsi parmi les oiseaux, le Fulmar boréal, espèce océanique, trouve dans les falaises bretonnes sa limite sud de nidification tandis que le méditerranéen Guêpier est un habitué des dunes de la Baie d'Audierne. Citons le Pouce-pied dans les falaises de Groix et de Belle Ile, et l'Ormeau dont la Bretagne a la responsabilité de l'essentiel des stocks français.
Les oiseaux du bord de mer constituent par leur nombre et leur diversité, un élément original remarquable du patrimoine naturel breton. Au total, 17 espèces d'oiseaux marins et 4 espèces de limicoles se reproduisent régulièrement ; une trentaine d'autres espèces de limicoles peuvent être observées dans la région, certaines en grand nombre à l'occasion de leurs mouvements migratoires.
Concernant les mammifères marins, sur les 25 espèces différentes observées au large de la Bretagne, deux phoques et huit cétacés fréquentent assidûment les eaux littorales bretonnes. Les plus observés sont le Dauphin commun, le Globicéphale, le Grand Dauphin et le Phoque gris. Ces deux derniers, ainsi que le Phoque veau marin, sont d'ailleurs présents toute l'année dans les eaux côtières de la région.
Sur les 1 664 espèces végétales inventoriées en Bretagne, le littoral en abrite 570 soit 28 %. La « liste rouge » des espèces végétales menacées du massif Armoricain compte 364 espèces dont 110 se situent sur le littoral. Enfin, sur les 37 espèces végétales à très forte valeur patrimoniale retenues pour la Bretagne, 24 sont littorales.
Grande Nébrie des sables
Par conséquent, l'espace marin et littoral représente une très grande part du patrimoine naturel de la région Bretagne et joue un rôle important dans le maintien des équilibres naturels. Mais sa position d'interface le rend d'autant plus fragile et vulnérable. Le territoire régional a donc un rôle primordial de maintien des espèces remarquables associées à ces espaces et de façon plus générale, de la biodiversité littorale et marine. Depuis 1992, la directive Habitats définit les types d'habitats naturels d'intérêt communautaire qui constitueront notamment le réseau Natura 2000. La Bretagne présente 50 de ces types d'habitats naturels dont la majorité sont littoraux.