Les taupes, les vers de terre, les araignées et les fourmis sont les habitants les plus connus du sol. Pourtant, il ne s’agit là que de la partie visible d’un gigantesque « iceberg de vie ». Car si le sol est à 95 % minéral, il grouille d’une vie microscopique essentielle à son bon fonctionnement et en particulier au développement des plantes. Cette biodiversité est non négligeable et il convient de mieux la connaître pour mieux la gérer.
Une régulation naturelle grâce aux équilibres écologiques
Les fonctions de la faune du sol
Par le jeu de la compétition écologique et des relations alimentaires, une partie de la faune du sol contribue également à la protection des plantes contre les nuisibles, parasites et autres maladies. Des nématodes ont été utilisés avec succès comme auxiliaires, en tant qu’agents de lutte biologique contre une gamme étendue d'insectes nuisibles, notamment les charançons sur fraisier, les mouches des fruits et les sirex [1]. Certaines espèces du sol sont au contraire responsables de maladies. Le piétin-verse, par exemple, est une maladie du blé causée par le champignon Cercosperella herpotricoides ; une fois le blé infesté, la tige est affaiblie et n’est plus apte à supporter le poids de l’épi et des graines, elle casse au niveau du collet. Les nématodes phytoparasites sont un autre exemple de ravageurs importants. Car ils attaquent pratiquement toutes les cultures de la planète, en particulier les racines des plantes occasionnant ainsi des pertes de rendement très préjudiciables à l’agriculture. La lutte chimique est très difficile contre ces organismes et les produits nématicides comptent parmi les plus toxiques des produits phytosanitaires, d’où leur interdiction progressive dans de nombreux pays. Seul un équilibre écologique avec des prédateurs (autres nématodes, collemboles, acariens), des champignons et des bactéries permet de contrôler leur prolifération.
L’épandage des lisiers, les fumiers, les boues de stations d’épuration urbaines et industrielles et autres des déchets organiques apporte aux sols des microorganismes pathogènes tels que les bactéries (Escherichia coli, Yersinia, Shigella, Camplylobacter, etc.), des clostridies ou des Listeria. Ces nouveaux arrivants entrent en compétition avec la biodiversité en présence ; si le sol fonctionne bien, ils n’y survivront pas très longtemps ; s’il fonctionne mal, ils peuvent entraîner un risque de contamination des chaînes alimentaires ou de l’eau. Il existe d’ailleurs une réglementation pour contrôler l’épandage des déchets organiques et limiter ces risques de contamination sanitaire. Mais à ce jour, les connaissances sur l’écologie de ces microorganismes restent encore très fragmentaires.
Comme dans tout écosystème, les habitants du sol sont soumis à des agressions auxquelles ils peuvent plus ou moins s’adapter. Tout ce qui touche à la structure du sol, qui modifie son aération, sa compacité, sa texture mais aussi son acidité ou les éléments chimiques qui s’y trouvent, a un impact sur eux et donc sur le bon fonctionnement du sol. Ils doivent affronter la dessiccation, les inondations, les incendies, le retournement non modéré du sol ou les labours profonds qui blessent les animaux, exposent les organismes du sol aux prédateurs et aux rayons du soleil, l’usage intensif des engrais minéraux et des pesticides, etc. Les agressions contre les animaux du sol sont nombreuses et si, pour le moment, aucune réglementation ne concerne la dimension biologique des sols, l’Europe a tout de même identifié la perte de biodiversité des sols comme une réelle menace [2].
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