Les glaciations du quaternaire ont considérablement appauvri la faune bretonne en espèces de poissons purement d’eau douce. Des espèces qui n’ont d’ailleurs pas achevé de recoloniser les milieux aquatiques de la région. Isolée du continent mais en interaction forte avec l’océan, la Bretagne est en revanche un « conservatoire » pour les poissons migrateurs. Ils sont considérés vulnérables et souffrent de la forte artificialisation des cours d’eau de la région.
Les rivières bretonnes, en cours de recolonisation
Si la répartition actuelle des espèces de poissons est affaire de relief, de climat et de nature de roche, elle s’explique aussi par l’histoire géologique récente. Les glaciations du quaternaire ont provoqué des extinctions massives d’espèces de poissons, en particulier parmi celles vivant dans des eaux relativement chaudes. La faune piscicole française d’aujourd’hui est donc constituée d’une part des espèces qui ont survécu à ces extinctions et d’autre part d’espèces « colons » venant de zones refuges comme le bassin du Danube.
La Bretagne a été d’autant plus touchée par ces extinctions que la petite taille de ses bassins versants a empêché les poissons de se mettre à l’abri dans des zones refuges. C’est le cas en particulier des fleuves côtiers, le plus souvent petits et isolés des grands fleuves que sont la Loire et la Seine. Il n’y a que les poissons grands migrateurs qui ont pu rejoindre la mer puis recoloniser la quasi-totalité des cours d’eaux bretons. La petite taille et l’isolement des rivières les plus occidentales expliquent aussi que le nombre d’espèces de poissons est plus faible à l’ouest qu’à l’est.
Les milieux aquatiques en Bretagne sont toujours en phase de recolonisation : ils peuvent accueillir un nombre bien plus grand d’espèces. L’Office national de l’eau et des milieux aquatiques a ainsi mis en évidence la capacité du Goujon à coloniser, ou plus vraisemblablement recoloniser, l’Aulne et l’Elorn. Alors qu’en 1999, les scientifiques ne comptaient aucun poisson de cette espèce dans l’Aulne, la pêche électrique menée en 2004 en dénombrait 10.